Świątynia została wybudowana w XVIII w. jako prostentancki zbór o konstrukcji szachulcowej (tzw. mur pruski). Przestrzenie między drewnianymi belkami były od początku wypełnione cegłą. Budynek uzyskał kształt ośmioboku zwieńczonego wysokim dachem. Początkowo budynek nie osiadał wieży i przybudówki (obecnie zachrystia) i był kryty gontem. Z czasem do bryły kościoła dobudowano od strony północnej ceglaną wieżę z zegarem i klatką schodową. W roku 1871 przy kościele posadzono dąb na pamiątkę zjednoczenia Niemiec i osoby cesarza Fryderyka Wilhelma I. Upamiętnia to granitowy obelisk od strony zachodniej. Nieopodal kościoła wybudowano szkołę ewangelicką (obecnie budynek pod nr. 33 na tyłach kościoła) i okazały budynek domu parafialnego (obecnie przedszkole przy głównej drodze).

Wewnątrz światyni zachował sie typowy dla zborów trzystronny chór. W surowych protestanckim wnetrzu uwagę przykuwa bogaty barokowy ołtarz i chrzcielnica oraz cenne organy na chórze z XVIII w.

1741 - wydanie pozwolenia na budowę zboru protestanckiego w Zatoniu.
1765 - położenie kamienia węgielnego.
1785 - zainstalowanie II organów.
1797 - wzniesienie ołtarza i ambony.
1817 - obsadzenie świątyni lipami z okazji 300-lecia reformacji.
1839 - wymiana fundamentów budowli, zainstalowanie piorunochronu.
1841 - renowacja wnętrza z okazji 100 rocznicy powstania w Zatoniu gminy ewangelickiej.
1865 - wmurowanie kamienia węgielnego pod budowę wieży, wymiana szachulcowej kostrukcji ściany, na cegłę.
1866 - zawieszenie na dzwonnicy 3 dzwonów z ruich katolickiego kościoła św. Jana.
ok. 1870 - instalacja na wieży zagara.
ok. 1880 - ponowna renowacja wnętrza świątyni, wymiana konstrukcji ścian wschodniej i południowej.
pocz. XX w. - całkowita wymiana pozostałych fragmentów muru pruskiego.
1945 - przejęcie świątyni przez katolików, umieszczenie w ołtarzu obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej.
2007 - naprawa więźby i pokrycie dachu ceramiczną dachówką.
2009 - położenie tynków wewnętrznych i wykonanie odprowadzenia wody z rynien.

Remont pokrycia dachowego kościoła p.w. Matki Boskiej Częstochowskiej w Zatoniu w roku 2007 zrealizowano przy pomocy finansowej Lubuskiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Zielonej Górze